Der Unterschied des Genotyp-Phänotyps wird in der Genetik gemacht. "Genotyp" ist eine volle erbliche Information eines Organismus, selbst wenn nicht ausgedrückt. "Phänotyp" ist wirkliche beobachtete Eigenschaften eines Organismus, wie Morphologie, Entwicklung oder Verhalten. Diese Unterscheidung ist in der Studie des Erbes von Charakterzügen und ihrer Evolution grundsätzlich.

Der Genotyp vertritt sein genaues genetisches Make-Up — der besondere Satz von Genen, die es besitzt. Wie man sagt, haben zwei Organismen, deren sich Gene an sogar einem geometrischem Ort unterscheiden (Position in ihrem Genom) verschiedene Genotypen. Die Übertragung von Genen von Eltern zur Nachkommenschaft ist unter der Kontrolle von genauen molekularen Mechanismen. Die Entdeckung dieser Mechanismen und ihrer Manifestationen hat mit Mendel angefangen und umfasst das Feld der Genetik.

Es sind die physikalischen Eigenschaften des Organismus, die direkt seine Überlebenschancen und Fortpflanzungsproduktion bestimmen, während das Erbe von physikalischen Eigenschaften nur als eine sekundäre Folge des Erbes von Genen vorkommt. Deshalb, um die Evolutionstheorie über die Zuchtwahl richtig zu verstehen, muss man die Unterscheidung des Genotyp-Phänotyps verstehen.

Von einer Reihe von Genotypen zu einer Reihe von Phänotypen kartografisch darzustellen, wird manchmal die Karte des Genotyp-Phänotyps genannt.

Ein Genotyp eines Organismus ist ein Major (das größte bei weitem für die Morphologie) das Beeinflussen des Faktors in der Entwicklung seines Phänotyps, aber es ist nicht das einzige. Sogar zwei Organismen mit identischen Genotypen unterscheiden sich normalerweise in ihren Phänotypen. Man erfährt das im täglichen Leben mit monozygous (d. h. identisch) Zwillinge. Identische Zwillinge teilen denselben Genotypen, da ihre Genome identisch sind; aber sie haben nie denselben Phänotyp, obwohl ihre Phänotypen sehr ähnlich sein können. Das ist in der Tatsache offenbar, dass ihre Mütter und enge Freunde ihnen immer einzeln erzählen können, wenn auch andere nicht im Stande sein könnten, die feinen Unterschiede zu sehen. Weiter können identische Zwillinge durch ihre Fingerabdrücke bemerkenswert sein, die nie völlig identisch sind.

Das Konzept der phenotypic Knetbarkeit beschreibt den Grad, zu dem ein Phänotyp eines Organismus durch seinen Genotypen bestimmt wird. Ein hohes Niveau der Knetbarkeit bedeutet, dass Umweltfaktoren einen starken Einfluss auf den besonderen Phänotyp haben, der sich entwickelt. Wenn es wenig Knetbarkeit gibt, kann der Phänotyp eines Organismus von Kenntnissen des Genotypen unabhängig von Umweltbesonderheiten während der Entwicklung zuverlässig vorausgesagt werden. Ein Beispiel der hohen Knetbarkeit kann in Larvenwassermolchen beobachtet werden: Wenn diese Larven die Anwesenheit von Raubfischen wie Libellen fühlen, entwickeln sie größere Köpfe und Schwänze hinsichtlich ihrer Körpergröße und zeigen dunklere Pigmentation. Larven mit diesen Charakterzügen haben eine höhere Chance des Überlebens, wenn ausgestellt, zu den Raubfischen, aber wachsen langsamer als andere Phänotypen.

Im Gegensatz zur phenotypic Knetbarkeit richtet das Konzept der genetischen Kanalisation das Ausmaß, dem ein Phänotyp eines Organismus Beschlüsse über seinen Genotypen erlaubt. Wie man sagt, wird ein Phänotyp kanalisiert, wenn Veränderungen (Änderungen im Genom) die physikalischen Eigenschaften des Organismus nicht merklich betreffen. Das bedeutet, dass sich ein kanalisierter Phänotyp von einer großen Vielfalt von verschiedenen Genotypen formen kann, in welchem Fall es nicht möglich ist, den Genotypen von Kenntnissen des Phänotyps genau vorauszusagen (d. h. die Karte des Genotyp-Phänotyps nicht invertible ist). Wenn Kanalisation nicht ist, haben gegenwärtige, kleine Änderungen im Genom eine unmittelbare Wirkung auf den Phänotyp, der sich entwickelt.

Die Begriffe "Genotyp" und "Phänotyp" wurden von Wilhelm Johannsen 1911 geschaffen.

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